Chùa Uẩn Long được xây dựng vào giai đoạn nhà Lê Trung Hưng, thời vua Lê Dụ Tông lấy niên hiệu Bảo Thái (1720-1729), khi đó chùa được người dân làng Yên Mô dựng lên trong một đêm bằng nhà tranh vách đất quay hướng Nam để giữ đất cho làng (vì dân làng lo sợ người dân làng Thiên Trì có lắm Quan ỷ thế lên chiếm đất nên trong một đêm bảo nhau tổ chức dựng xong chùa tại khu đất có vị trí đẹp nằm giáp hai làng). Từ đó người dân làng Thiên Trì gọi là chùa Mạo, còn dân làng Yên Mô gọi là chùa Uẩn Long Tự (chùa Nam). Sau đó cụ Hoàng Chất - ông Đồ của làng Yên Mô đứng lên kêu gọi nhân dân làng xây dựng lại chùa khang trang hơn, chùa vẫn giữ hướng Nam, xây theo hình khối chữ Đinh, có 3 gian nhà chính điện (3 gian thượng điện) là nhà đặt các bàn thờ Phật, được nối thẳng góc với 9 gian nhà bái đường (9 gian nhà tiền đường ở phía trước), đằng sau chùa xây 5 gian nhà Tổ.

Đến thời triều Nguyễn có Đại Đức Thích Ngọc Lâm về chủ trì, sau đó là Đại Đức Thích Đức Kiểm chủ trì, thời này chùa rất phồn thịnh, chùa có 4 chú tiểu người làng Yên Mô Thượng theo Đại Đức Thích Đức Kiểm để được giao việc làm trong chùa và học tập kinh kệ, nghi lễ. Chùa lúc bấy giờ được là Trường hạ để chư Tăng, chư Ni các nơi quanh vùng về An cư kiết hạ. Những năm chiến tranh chùa Uẩn Long do Đại Đức Thích Đức Kiểm chủ trì là nơi ẩn nấp của cán bộ du kích, bộ đội, công an, là nơi giúp dân cứu đói. Năm Ất Dậu thiên tai, lũ lụt, sâu bệnh gây mất mùa tại miền Bắc, bệnh dịch tả lây lan nhanh, rộng khắp trong mùa lũ cũng góp phần làm tăng thêm nạn đói. Thời điểm đó, chùa cấy được trên 2 tấn thóc, 120 cân ngô, 117 cân khoai, Đại Đức Thích Đức Kiểm cho thổi cơm in oản, mỗi sáng bố thí cho người đói một phần để cầm hơi, đồng thời đấu tranh lên huyện xin được mấy tấn thóc nấu nồi cháo to, hàng ngày phân phát cho người dân bị đói lả. Sau đó Đại Đức Thích Đức Kiểm hoàn tục.

Từ năm 1952 đến năm 1969 chùa được Sư Cô Ngô Thị Mỵ về chủ trì, năm 1957 đến 1958 ở chùa là nơi tổ chức các lớp học cho con em trong làng. Sau khi Sư Cô Ngô Thị Mỵ mất, do hoàn cảnh đất nước chùa Uẩn Long bị bỏ hoang, hòa bình lập lại dân làng có cử ông Phạm Văn Tụng về trông coi chùa, đến năm 1989 bà Phạm Thị Tập sinh năm 1942 vợ liệt sỹ, công nhân cán bộ ngành giao thông về hưu đứng ra kêu gọi nhân dân và du khách thập phương tu sửa ngôi Đại hùng bảo điện và xây lại 5 gian nhà Tổ. Đồng thời bà Phạm Thị Tập cũng xin dân làng cho phép ở trông coi chùa và đi tu thời gian sau được Sa Di Ni có pháp danh là Thích Đàm Vân. Năm 2000, Sa Đi Ni Thích Đàm Vân kêu gọi nhân dân và du khách thập phương xây tường rào và cổng tam quan chùa ở hướng Đông. Năm 2005 gia đình ông Phạm Đình Nhân đóng góp phần lớn cùng Sa Di Ni Thích Đàm Vân và nhân dân xây dựng lại nhà tổ 5 gian.

Đến năm 2006 nhân dân trong làng thống nhất mời Thượng Tọa Thích Tuệ Quang về chủ trì chùa Uẩn Long, năm 2015 Thượng Tọa giao cho đệ tử Sa di Thích Tuệ Tâm về quán xuyến công việc của chùa cùng Sa Di Ni Thích Đàm Vân. Năm 2016 Thượng Tọa Thích Tuệ Quang cùng nhân dân và du khách thập phương xây dựng nhà khách theo hướng Đông, năm 2020 quy hoạch tổng thể chùa và xây dựng lại ngôi Đại hùng bảo điện.

Phạm Ngọc Anh, làng Yên Mô Thượng